政府主管部門對保安服務公司的管理方式正在從政企不分的管理模式向政府主管部門主要對保安服務公司實行監督管理的模式轉變和過渡。我國的保安服務公司從成立一開始，就完全附屬在公安機關之下。2000年的《公安部關于保安服務公司規范管理的若干規定》規定：保安服務公司只能由公安機關組建，其他任何單位、部門、個人不得組建。直轄市和省會市以及省轄市公安局和縣（市）級公安局可以組建保安服務公司。保安服務公司由人民政府公安機關統一領導和管理。公安機關治安管理部門是保安服務公司的主管部門，代表公安機關對保安服務業實施管理和監督，規范保安服務業的經營方向，指導保安隊伍建設。

        因此，基于公安機關與其所開辦的保安服務公司之間的從屬關系，盡管在法律文件中規定，保安服務公司不得冠以公安機關名稱，應作為獨立的法人實體，實行獨立核算、自主經營，獨立承擔民事責任。公安機關與保安服務公司在經濟上徹底脫鉤，不得抽調、占用公司資產，不得以任何方式在公司報銷或者提取費用，不得為公司提供任何形式的經濟擔保。但實際上，公安機關開辦的保安服務公司不僅在所有權關系上存在著密切聯系，而且實際上公安機關是保安服務公司的產權所有人。此外，公安機關還通過派遣公安人員進入保安服務公司的管理層的方式來全面影響保安服務公司的各項業務活動。這一點，在《公安部關于保安服務公司規范管理的若干規定》也有明確規定。保安服務公司應向工商行政管理部門登記注冊，公司法定代表人人選須經公安機關治安管理部門審核。公安機關的現職領導干部不得在保安服務公司兼職。從公安機關選派到保安服務公司工作的民警可以保留警籍，但不得著警服。在保安服務公司工作期間，晉級、晉銜等與其他民警相同，工資和福利待遇只能選擇一頭。以北京市保安服務總公司為例，從1996年12月開始，北京市保安服務總公司曾掛市公安局保安管理處的牌子，并核定為正處級事業單位。2003年，保安行政管理職能與企業經營職能分離，保安服務公司成為純粹的經營單位。目前，北京市保安服務總公司由北京市內保局保安處管理，兩者還沒有從管理體制上真正脫鉤，在人、財、物上還存在著千絲萬縷的法律聯系，這種復雜的關系也在某種程度上阻礙了保安服務公司的自主經營和發展。